Ursprünglich wurde das Mürwiker Gebiet von der Gemeinde Adelby betreut und besaß keine eigene Kirche. Mit dem Bau der Marineschule Mürwik sollte auch eine zugehörige Garnisonskirche errichtet werden. Die Pläne sahen zunächst an der Wasserseite, nördlich der Schule, eine große viertürmige Schlosskirche vor, die von der später ebenfalls nicht weiter ausgebauten Burgmauer mit umschlossen sein sollte. Die Pläne wurden jedoch nicht realisiert. Die Aula der Schule sollte deshalb als Andachts- und Kirchenraum mitbenutzt werden. In der Weimarer Republik fehlte das benötigte Geld. 1932 erhielt Mürwik nur eine kleine Kapelle. In der Zeit des Nationalsozialismus zeigte der NS-Staat kein Interesse an dem Neubau einer Garnisonskirche mit entsprechender Größe. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges wuchs die Bevölkerung Flensburgs stark an. Insbesondere der Gemeindeanteil in Mürwik wuchs durch zugezogene Flüchtlinge erheblich. 1950 wurde Mürwik eine selbständige Kirchengemeinde.