Die Sportschule wurde 1936 bis 1937 gebaut und als Marinedienststelle genutzt. Dort war 1945 der eigentliche Amtssitz der Regierung Dönitz. Der Gebäudekomplex steht heute zum großen Teil unter Denkmalschutz und wird weiterhin als Sportstätte genutzt. Im nördlichen Gebäude der Sportschule wurde der Simulator für die nautische Ausbildung (AANS) eingebaut.

Im Juni 1947 wurde die Marinesportschule als städtische Sportschule Flensburg-Mürwik wieder offiziell eröffnet und die Leitung Siegfried Perrey übertragen. Im Jahr 1948 entwickelte sie sich zur Landessportschule. 1949 wurde Siegfried Perrey schließlich zum Direktor der Landessportschule in Mürwik ernannt, welche zwei Bahnen für Leichtathleten, einen Hockeyplatz, eine Box, Fecht- und Turnhalle besaß. Die benachbarte Marine-Reitschule wurde ebenfalls mitbenutzt.

Des Weiteren war im Jahr zuvor noch Hinrich Medau an die Sportschule gekommen, der dort seine Medau-Schule neu gründete. Im Jahr 1929 hatte er in Berlin eine Gymnastikschule gegründet, in welche er seinen eigenen Lehreansatz vermittelte. 1943 war die Berliner Medau-Schule ausgebombt und nach Breslau verlegt worden, wo sie 1945 schließen musste.

Der besagte Teil der Straße Twedterholz bei der Marinesportschule wurde 1961 in Fördestraße umbenannt. Die Marinesportschule erhielt die Adresse Fördestraße 37.

Im östlichen Teil Turnhallengebäudes befindet sich heutzutage der Schiffssimulator für die nautische Ausbildung, der mit Ausbildungsausstattung Nautische Schiffsführung (AANS) umschrieben wird.