- Das Herrscherbild des Aachener Liuthar-Evangeliars, eine Gabe Ottos III. an das Aachener Münster. Es gilt als das eindrucksvollste Dokument der Herrschersakralisierung. Nie zuvor und auch niemals später hat ein ottonischer Buchmaler einen Kaiser so sehr in Christi Nähe gerückt.[34] Der als Otto benannte Herrscher wird von einer Frauengestalt getragen und ragt mit seinem Haupt in die göttliche Sphäre hinein. Die Hand Gottes spendet ihm die Krone. Assistiert wird der thronende Herrscher von zwei bekrönten Gestalten. Unten befinden sich zwei weltliche Würdenträger und zwei Erzbischöfe. Die Datierung (zwischen 990 und 1000) der Miniatur und ihr Auftraggeber sind umstritten. Aachener Domschatzkammer, fol. 16r.
Zweiter Italienzug
Bereits Ende September 996, nur wenige Monate nach seiner Begnadigung, vertrieb Crescentius Papst Gregor V. aus Rom und setzte mit dem Erzbischof von Piacenza und früheren Vertrauten der Theophanu, Johannes Philagathos, einen Gegenpapst ein. Bevor Otto III. jedoch in die römischen Verhältnisse eingriff, gab er der Sicherung der sächsischen Grenze Vorrang und führte im Sommer 997 einen Feldzug gegen die Elbslawen.
Im Dezember 997 begann Otto seinen zweiten Italienzug. Die Größe seines Heeres ist unbekannt, jedoch wurde er von einer Vielzahl weltlicher und geistlicher Großer begleitet. Seine dilectissima soror (vielgeliebte Schwester) Sophia, die ihn noch beim ersten Italienzug begleitet hatte und während seines langen Aufenthaltes in Aachen bei ihm verweilt hatte, war nicht mehr dabei. Nie wieder wurde ihre Anwesenheit bei Hof erwähnt. Während seines zweiten Italienzuges betraute Otto die Äbtissin Mathilde von Quedlinburg mit seiner Stellvertretung im Reich, eine Stellung, die bis dahin nur Herzöge oder Erzbischöfe eingenommen hatten.
Als Otto im Februar 998 in Rom erschien, einigten sich die Römer gütlich mit ihm und ließen ihn friedlich nach Rom einmarschieren. Die Anführer der Römer, die sich von dem Adelsgeschlecht der Crescentier nicht abhängig machen wollten, werden in den Quellen nicht namentlich erwähnt. Währenddessen verschanzte sich der Stadtpräfekt Crescentius in der Engelsburg. Der Gegenpapst Johannes Philagathos flüchtete aus Rom und versteckte sich in einem befestigten Turm. Er wurde von einer Abteilung des ottonischen Heeres gefangen genommen und geblendet, seine Nase und Zunge wurden verstümmelt. Schließlich setzte ihn eine Synode ab.
Das kaiserliche Heer konnte nach intensiver Belagerung Crescentius' habhaft werden und enthauptete ihn. Der Leichnam wurde von den Zinnen der Engelsburg gestürzt, anschließend mit zwölf ebenfalls hingerichteten Gefährten auf dem Monte Mario an den Beinen aufgehängt und zur Schau gestellt.
Schon Zeitgenossen kritisierten das grausame Vorgehen von Kaiser und Papst. So machte sich der greise Abt Nilus bereits auf die Nachricht von der Verstümmelung des Gegenpapstes nach Rom auf, um Johannes Philagathos zu sich ins Kloster zu holen, was ihm Gregor V. und Otto III. allerdings verweigerten. Nilus soll dem Kaiser daraufhin die ewige Strafe Gottes angedroht haben und verließ Rom. Doch hatte Crescentius bereits einmal Verzeihung und Gnade erhalten. Nach den "Spielregeln der mittelalterlichen Konfliktführung" musste diejenige Partei, die einen Friedensschluss brach, mit besonderer Strenge rechnen.
In einer Urkunde Ottos vom 28. April 998, die für das Kloster Einsiedeln ausgestellt wurde und die in der Datierungszeile auf die Hinrichtung des Crescentius aufmerksam machte, erschien erstmals eine Bleibulle mit der Devise Renovatio imperii Romanorum (Erneuerung des römischen Reiches). Die neue Devise begegnete auf den Kaiserurkunden kontinuierlich bis in die Zeit der Rückkehr Ottos III. aus Gnesen und wurde ab Januar 1001 durch die Formulierung Aurea Roma ersetzt.